De entre os muitos homens de cultura que estiveram à frente dos desígnios da Biblioteca, são merecedores de destaque, para a era eclesiástica, o 1º Bibliotecário – mor (1811), Doutor António José de Oliveira, coadjutor do Arcebispo D. Frei Manuel do Cenáculo, Bispo do Anel e de Eucárpia, e o último Perfeito nomeado pela Igreja, Cónego Francisco de Paula Velez dos Campos (1835), que mais tarde será Governador do Bispado de Beja.

Da era civil os destaques vão para, o Dr. Heliodoro da Cunha Rivara – 1º Bibliotecário, por nomeação do Governo da Rainha D. Maria II (1838-1855), o Dr. Augusto Simões – 1º Bibliotecário (1863), o Dr. Raul Cordeiro Ramos – 2º Bibliotecário (1939), que publicou: Dom Fr. Manuel Vilas Boas, Porto, 1936.

Em 1839, é nomeado o primeiro conservador civil, Dr. Heliodoro da Cunha Rivara (Prof. De Filosofia do Liceu de Évora – criado pela Reforma de Passos Manuel).

O Dr. Cunha Rivara manteve-se como Director da Biblioteca ate 1855, ano em que foi nomeado Secretário Geral do Governo da Índia, deixando-nos o Catálogo dos Manuscritos da Biblioteca Pública Eborense, em 1850 e também as Colecções de extractos e treslados, Documentos do Arquivo Municipal, do Cartório, e de outros que se encontram na Torre do Tombo.

Em 1864 é nomeado o Dr. Augusto Filipe Simões, Professor em Évora para o cargo de Bibliotecário.

A ele se deve a profunda remodelação arquitectónica da Biblioteca iniciada em 1871 e concluída em 1877, destacando-se a escadaria principal, gabinete Cunha Rivara, o restauro da Sala Nova, recatalogação e disposição dos cerca de 12.000 volumes impressos em estantes próprias para o efeito, orientou os melhoramentos da Sala de Leitura, e mandou pôr redes de arame nas estantes – esta sala mais tarde passa-se a chamar Filipe Simões. Também reuniu e classificou a Colecção Arqueológica, e os seus núcleos – Mestre André de Resende e Cenáculo. Este espólio só em 1915 passa para o piso térreo do Museu Regional (Museu de Évora), sob orientação técnica da Direcção Geral dos Edifícios e Monumentos Nacionais.