Nos anos de 1823-24, quer o Estado quer a Diocese de Beja tentaram-se apropriar do fundo Geral da Biblioteca e do Anexo Museológico. Mas a 26 de Novembro de 1824 sai do Tribunal a sentença anulatória dos Autos de Impugnação.

Em 1832 outra crise se instala na Biblioteca, pela mão de D. Frei Fortunato de S. Boaventura, partidário de D. Miguel, ordenando o encerramento da mesma e despedindo arbitrariamente os seus funcionários, ameaçando também queimar 12.000 livros, considerados heréticos e janesistas.

Após esta crise a Biblioteca transitou, no processo administrativo e económico, da Mitra, para o Tesouro Nacional.