Os historiadores não concordam na classificação das sociedades secretas como a Carbonária, que nós abrigamos, por a simbólica se religar ao reino vegetal, sob a designação de Maçonaria Florestal ou Maçonaria da Madeira, de acordo com Jacques Brengues. Uns não levam em conta o seu passado lenhador e jardineiro, outros negam-lhe a estrutura maçónica, e há ainda quem as considere para-maçónicas, a exemplo de Oliveira Marques. Este autor transcreve um manuscrito existente na Biblioteca Nacional com os estatutos de uma sociedade secreta, a Socidade Keporática (Sociedade dos Jardineiros), fundada em Coimbra nos primeiros anos do século XIX, nos quais aparecem símbolos vegetais, em primeiro lugar o jardim, homólogo da loja na Maçonaria da Pedra e da venda na Maçonaria Florestal.

Sendo a Carbonária um instrumento de revolução (armado, noutros tempos), não poderia ser legitimado por nenhuma sociedade-mãe, por isso ela é irregular por natureza, e não apenas por admitir mulheres. Porém, mais do que uma sociedade secreta, a Carbonária é uma sociedade iniciática: ela pratica um rito e transmite um mito fundador (na essência, um mito solar). A admissão de novos elementos faz-se por iniciação, segundo o Rito Florestal. As assembleias, nas quais os Bons Primos se iniciam (ao grau de Aprendiz), elevam (ao grau de Companheiro Fendedor) e exaltam (ao grau de Mestre) decorrem em ambiente sacerdotal, no templo. Conhecendo os instrumentos ou elementos simbólicos de discurso, transmitidos pelo rito, os carbonários ficam na posse de um código e de referências próprias, que lhes permitem reconhecerem-se e comunicarem fora do templo, sem se denunciarem aos estranhos (pagãos). Na sequência, vem outro aspecto relevante do carbonarismo, a hospitalidade iniciática: nunca deverá faltar a água, o lençol, o sal, o espelho e o fogo para oferecer aos Viajantes.

Em relação à História da Carbonária, as contradições são patentes, uma vez que qualquer sociedade iniciática tende a legitimar a sua existência numa genealogia, tanto mais valoradora quanto mais antiga. No extremo, esbatidos na distância os contornos da História, pode ficar um in illo tempore adâmico ou da construção do Templo de Salomão, reconhecido este por toda a Maçonaria, que o rememora, com o assassínio de Hiram, no ritual do grau de Mestre. A grande divergência diz respeito no entanto a uma origem mais recente, de um lado italiana, com as lutas entre guelfos e gibelinos, de outro francesa, com os ritos florestais de sociedades como as dos Carvoeiros e Lenhadores. Alguns autores rejeitam a legitimação genealógica (mítica), considerando a Carbonária uma sociedade aparecida no século XVIII, em resultado das Constituições de Anderson, como qualquer outra potência maçónica.

No caso português, as Carbonárias estão contidas numa visão quase estritamente militar e republicana, que abrange sobretudo o período que rodeia a implantação da República. Daí que fiquem na bruma duas características fundamentais: a religiosa, ao diluir-se o facto de se tratar de sociedades iniciáticas; e a juvenil, já que o associativismo iniciático é indissociável do estudantil, principalmente universitário, ou de escolas superiores, como a Escola Politécnica de Lisboa, na qual se leccionavam matérias preparatórias da carreira militar – facto importante, pois essas Carbonárias exigiam instrução militar e treino de armas, sob pena de acidentes mortais, como aconteceu ao médico que fabricava bombas para a revolução no quarto de Aquilino Ribeiro, era este ainda estudante. As cronologias de Luz de Almeida, Grão-Mestre da nossa mais conhecida Carbonária, chamam a atenção por se exprimirem em férias e anos lectivos. Este aspecto é assinalado do interior das Carbonárias internacionais, ao nomear os corpos legislativos: Venda Jovem Portugal, Jovem Itália, etc..

Uns autores consideram a Carbonária independente da Maçonaria e do Partido Republicano, outros, um braço armado da Maçonaria (da Pedra). Para uns, o carbonarismo propriamente dito nasce no século XIX, com Mazzini, Garibaldi e Cavour, para outros morre com eles, perdida já toda a lembrança dos mitos e ritos evocadores da mãe simbólica de todos os bosques, a Floresta do Líbano, cujos cedros forneceram madeira para construir o Templo de Salomão. Porém toda a floresta, como a de Brocelianda, conserva memória dos seus próprios mitos, mesmo quando os mitos confinam com algum acontecimento real, como acontece com o patrono eleito pelos carbonários, Théobald ou Thibault, conde de Brie e de Champagne. Conta a lenda que Teobaldo (1017-1066) renunciou aos seus privilégios para se fazer eremita numa floresta, na qual conviveu com carvoeiros que lhe transmitiram os segredos do fabrico do carvão, ofício do qual viveu. Teria sido assim um dos primeiros carbonários (de carbono, carvão). Após longas peregrinações, instalou-se em Itália, onde recebeu as ordens do bispo de Vicenza e de Deus o dom do milagre. O papa Alexandre II tê-lo-ia canonizado. Os carvoeiros tratavam por Bons Primos outros habitantes da floresta, os fendedores ou rachadores, para os quais também a madeira era a matéria-prima, fórmula que se mantém entre os carbonários dos nossos dias.