Tem havido várias sociedades secretas de estrutura carbonária, na maior parte sem registo escrito, outras, com algum rasto na memória, caso da Gruta, de origem portuguesa, cujos elementos portugueses terão operado ao lado de Garibaldi e dos separatistas, no Sul do Brasil. Na Maçonaria da Pedra não existe militância colectiva, ao passo que na Carbonária pode existir acção de grupo organizada até como exército. São disso casos evidentes Garibaldi, perito da guerrilha nas Guerras Farroupilhas, e de Luz de Almeida, organizador de uma Carbonária que veio a provocar a implantação da República Portuguesa. Porém em Portugal não houve guerra nem batalhas, donde uma mudança de regime político, demasiado radical para não estar apoiada numa nova ideologia e em mentalidades novas, só pode ter sido levada a cabo mediante estratégias de subversão promovidas pelo catecismo carbonário, liberal e republicano, expresso no lema: Liberdade, Igualdade e Humanidade (no neo-carbonarismo).

Estas linhas de força, que distinguem a Maçonaria da Madeira da Maçonaria da Pedra, produzem silêncio histórico em relação à primeira: para salvaguarda de todos, a Carbonária, quando em acção, não pode deixar vestígios. De outra parte, uma vez que as sociedades iniciáticas exigem silêncio sobre o ritual, estando ritualizados todos os gestos e palavras no curso das assembleias, os segredos não fluem para o mundo profano através das goteiras do templo. Daqui decorre outra característica destas sociedades, o mistério, e com ele, eventualmente, o terror que inspiram, não só a pagãos como às vezes, nos períodos de luta, em que as provas são mais terríveis, aos próprios membros.

As sociedades maçónicas foram permitidas durante o governo constitucional de 1820-1823. Voltando o absolutismo, de novo os liberais foram perseguidos. O Sinédrio, a que pertenceram José da Silva Carvalho, Fernandes Tomás, José Ferreira Borges e Borges Carneiro, foi fundado em 1817. Considerado "uma pequena Carbonária”, preparou e fez eclodir a revolução liberal de 1820. Embora a Carta de Lei de 20 de Junho de 1823, promulgada por D. João VI, condenasse as sociedades secretas, os pedreiros livres, os "Carbonari" e os "Communeros" (aos quais, de resto, anteriormente reconhecera terem-lhe salvo a vida), neste período abrem ou permanecem activas várias lojas. Exemplo disso é a Sociedade dos Jardineiros, fundada ou reactivada em 1821 por Almeida Garrett, provavelmente aquela cujos estatutos Oliveira Marques transcreveu, de um saudável manuscrito que vimos no momento de entrega, na Biblioteca Nacional, mas no último instante não nos deixaram consultar, com alegação de se encontrar em mau estado de conservação. Esta sociedade secreta, a lembrar "Les Francs-Jardiniers”, de Robert Cooper, existia ainda em Coimbra, em 1823, e outra ou a mesma há-de ter existido umas três décadas antes, como o demonstra o código jardineiro de João da Silva Feijó.

Da Sociedade dos Jardineiros, também chamada Sociedade dos Chícaras, da alcunha de um estudante que a ela pertencia, filho do Chícara, Francisco Gomes da Silva, um dos regeneradores de 1820, secretário da junta provisória do governo supremo do Reino, também fala Martins de Carvalho, em Apontamentos para a História Contemporânea. Ficou conhecida pelos incidentes rocambolescos que rodearam a descoberta das casas onde alguns membros, estudantes, viviam e reuniam. Eram eles os irmãos Martins da Cruz, António Fortunato e Tomás de Aquino, e Manuel Gomes da Silva. Tomás de Aquino veio a ser Governador civil do distrito de Coimbra e depois juiz do Tribunal da Relação do Porto. Antes de fugirem, esconderam os objectos rituais na cisterna do pátio das casas onde moravam. Retirados do poço pelas autoridades, foram expostos à curiosidade pública no patim da Sé Velha.

Os Divodignos, ou Rancho da Carqueja, aparecem em 1828. Foi uma sociedade secreta instituída também por estudantes de Coimbra, para impedirem uma delegação universitária de alcançar Lisboa, a onde ia apresentar cumprimentos a D. Miguel e pedir a expulsão dos elementos liberais da Universidade. Dois lentes morreram no assalto, outros ficaram feridos. Os estudantes acabaram na forca, salvo três, que conseguiram fugir. Nos anos seguintes foram riscados da matrícula outros estudantes, assim tendo sido extinta a Sociedade dos Divodignos. Em 1829 elevava-se a 457 o número de estudantes expulsos.

Em 1842, o Carbonarismo em Portugal, segundo Borges Grainha, era dirigido pelo general Joaquim Pereira Marinho e a Alta Venda tinha já erguido três barracas em Lisboa (Viriato, Aljubarrota e Pacheco), outras em Coimbra e no Porto. Em 1848, após a Revolução de Fevereiro, que estabeleceu em França a segunda República, o general Marinho remeteu os seus poderes ao abade António de Jesus Maria da Costa - Bom Primo Ganganelli -, residente em Coimbra, que ali fundou a Carbonária Lusitana. Conhecem-se desta época as barracas Igualdade, União, 16 de Maio, Fraternidade e Liberdade. A um dos carbonários deste período devemos muito do que sabemos sobre sociedades secretas em Portugal, Joaquim Martins de Carvalho, proprietário e redactor do jornal O Conimbricense. Martins de Carvalho presidiu à choça Segredo e foi primeiro secretário da barraca Igualdade.

Por volta de 1850-1851, teve sede em Lisboa uma carbonária com o nome de "Portuguesa", com diversas choças instaladas. É de crer que tenha durado pouco tempo.