A partir de 1890, com o Ultimatum, a revolta alia os portugueses sedentos de mudança. Segundo Luz de Almeida, fundador da Carbonária Portuguesa, "Estavam ainda longe as sociedades secretas, e os estudantes, nessa altura, não pensavam em tal assunto". Esta frase define uma situação do conhecimento que exige ser corrigida, não só por ter havido estudantes maçons desde pelo menos os últimos trinta anos do século XVIII, na Universidade Reformada, como por a nossa investigação sobre a obra e percurso de alguns desses estudantes, os naturalistas, ter detectado a presença de sinais de reconhecimento nos seus textos que pertencem a organizações da Maçonaria Florestal.

Ainda estudante, Luz de Almeida ligou-se em 1896 aos grupos de jovens que militavam em favor da República, conhecidos pelo nome profano de Junta Revolucionária Académica. Esta Junta era a Maçonaria Académica, que ele refere como “Maç'.' Académica”: os três pontos em forma de V, ao contrário dos da Maçonaria da Pedra.'., identificavam os carbonários. Compunham a Maçonaria Académica alunos da Escola Politécnica e dos liceus. Estes jovens agitavam o meio lisboeta em favor da República e estavam ligados a associações secretas de populares, intelectuais e militares. Contando com largo apoio popular, as choças e barracas proliferavam pelo país, mostrando nos nomes a orientação revolucionária que as dinamizava: República, Termidor, Marselhesa, Mocidade Operária, Companheiros da Independência, etc..

Da Maçonaria Académica irrompe a Carbonária Portuguesa, cujas principais figuras, ligadas à implantação da República, foram Luz de Almeida, Grão-Mestre, António Maria da Silva, representante da Venda Jovem Portugal (corpo legislativo) e Machado Santos, representante da Alta Venda (poder executivo).

Adstritas à Carbonária Portuguesa havia outras, entre elas a Loja Obreiros do Futuro, liderada por Heliodoro Salgado. Numerosos activistas encorajavam os grupos clandestinos de iniciação que forçaram o surgimento do movimento revolucionário, anti-clerical e não apenas anti-monárquico.

Desde a criação até ao fim, a Carbonária Portuguesa teve oito altas vendas, sempre com Luz de Almeida como Grão-Mestre. De todas a mais importante foi a Sexta, pois foram os seus elementos que participaram decisivamente no 5 de Outubro de 1910, na ausência de Luz de Almeida, então exilado em França.