El colegio y las habitaciones actuaban como un monasterio, que estaba ubicado al lado de la misma iglesia; donde se encontraban las habitaciones de los padres y el refectorio, un almacén y la sala de reuniones, destinadas sobre todo al ejercicio de la música y de la danza.

Todas las estancias se situaban una al lado de otra y daban a la galería del claustro.

Los primeros complejos fueron construcciones funcionales efímeras, alzadas con medios y materiales pobres. Vastos techos estaban construidos con estructuras en madera, con cobertura de paja y ramas, con muros perimetrales de ladrillo y fango. Hacia mitad del siglo XVIII, se comenzaron a realizar en piedra y con gran cuidado. Con las nuevas necesidades creció el número de habitaciones de los padres, por lo que fue indispensable agregar un nuevo patio, comunicado con el primero.

En el patio principal, más cuidado arquitectónicamente, se encontraba, entre otros, una escuela para los niños, y en algunas reducciones, también un reloj de sol y un pozo.

El segundo patio, que a veces era más amplio, estaban los talleres donde los indios realizaban trabajos. Esta organización de dos patios fue casi inalterada hasta el momento de la expulsión.

El patio principal medía unas 70 u 80 varas por lado, la iglesia hacia levante, a mediodía las habitaciones de los padres y de los huéspedes, a poniente la cocina, el depósito de armas, la escuela y la casa del portero. La puerta estaba orientada hacia el norte. En torno al segundo patio, más largo que el primero, estaba el laboratorio, situado debajo y porticado. El techo, recubierto de tejas, era sostenido por columnas de piedra y vigas de madera.

En la parte anterior y posterior de las estancias se encontraba una balaustrada de piedra de casi un metro de altura.

El cementerio, a la izquierda de la iglesia, originaba un gran espacio abierto, no siempre de las mismas dimensiones. En algunas reducciones se construían galerías para circundarlos, parcial o totalmente (el espacio interno del cementerio). El cementerio estaba al lado opuesto al patio de los padres, separados ambos por la iglesia. Circundándolo había un muro con una gran cruz en el centro y estaba dividido en cuatro partes, cuarteles, mediante avenidas llenas de flores de cardo. Cada cuartel era destinado a la sepultura de los indios según el sexo y la edad (el primer cuartel para los párvulos; el segundo para las párvulas; el tercero para los adultos, y el cuarto para las adultas).

Esto era completado por el coty-guazú y el hospital, que sólo se utilizaba para las epidemias. El coty-guazú se situaba frente a la iglesia o en un ángulo del pueblo. Éste era el hospedaje para las mujeres solas (viudas, abandonadas, huérfanas, etc.), que eran mantenidas por la comunidad. Su constitución arquitectónica no se diferenciaba del conjunto de la reducción.

En algunos pueblos, hacia mitad del siglo XVIII, se iniciaron una especie de fondas, llamadas tambos, destinadas a comerciantes españoles. La acogida era regulada por una Ordenanza Real, que establecía su estancia en no más de tres días, para no perturbar a los indios.

En el ámbito del pueblo también se erigía la cárcel, generalmente en uno de los ángulos de la plaza.