SANTOS JUNIOR, J.R. (1936) - Un cas d'abouchement du rectum dans le vagin chez une porcelette, "Sus scrofa". Sep. Comptes Rendus XIIe Congrès de Zoologie, Lisbonne, 1935. MB, separata 16686. Anatomia. Mammalia.

SANTOS JÚNIOR, J.R. dos (1942) - Missões antropológicas. Actas do I Congresso Nacional de Ciências Naturais. Lisboa, 1941. Livro I: 215-233. Bulletin de la Société Portugaise de Sciences Naturelles, Tome XIII, Supl. I. IAC, Lisboa, 1942. J.R. dos Santos Júnior.

SANTOS JÚNIOR, J.R. dos (1942) - Museu de História Natural da Universidade do Porto. Actas do I Congresso Nacional de Ciências Naturais. Lisboa, 1941. Livro I: 329-332. Bulletin de la Société Portugaise de Sciences Naturelles, Tome XIII, Supl. I. IAC, Lisboa, 1942. J.R. dos Santos Júnior.

SANTOS JÚNIOR, J.R. dos (1959) - Table for the general shape of the negroe's hair. Sociedade Portuguesa de Antropologia e Etnologia. Volume de homenagem ao Prof. Doutor Mendes Corrêa. Imprensa Portuguesa, Porto, pp: 25-33, fotos. Antropologia física.

SANTOS JÚNIOR, J.R. (1961) - Demografia da cegonha branca em Portugal. Anais da Faculdade de Ciências do Porto, 44 (1): 29-79 il., 1 mapa. Aves. Ciconia ciconia. Ciconia alba. J.R. Santos Júnior.

SANTOS JUNIOR, J.R. (1971) - Uma dança milenária. Trabalhos do Instituto de Antropologia Dr. Mendes Correia, Faculdade de Ciências do Porto, 12, 8 pp. MB, separata 16675. Antropologia.

SANTOS JUNIOR, Joaquim (1937) - Un cas d'abouchement du rectum dans le vagin chez une porcelette, "Sus scrofa" L.. Comptes rendus du XIIe Congrès International de Zoologie, Lisbonne, 1935. Vol. II, Section III: Anatomie Comparée. Arquivos do Museu Bocage, 6-A, 1935: 715-719. Anatomia comparada. Mammalia.

SANTOS JUNIOR, Joaquim (1937) - Sur quelques cas d'albinisme chez les Oiseaux. Comptes rendus du XIIe Congrès International de Zoologie, Lisbonne, 1935. Vol. III, Section IX: Vertébrés. Arquivos do Museu Bocage, 6-A, 1935: 1825-1832. Aves.

SANTOS JÚNIOR, J. R. dos (1956) - Anilhagem de aves em Portugal e a Reserva ornitológica de Mindelo. Arquivos do Museu Bocage, 27, Lisboa. 

SANTOS JÚNIOR, J. R. dos (1958) - Grupos Sanguíneos em Pretos de Moçambique 1958. Antropologia física.

SANTOS JÚNIOR, J.R. (1960) - Ocorrência da Hirundo daurica no Norte de Portugal. Anais da Faculdade de Ciências do Porto, XLII (4): 249-260. Aves. J.R. Santos Júnior. Riparia rupestris tem por nome vulgar Pedreiró, nome que o autor coligiu na Quinta de S. Pedro, em Trás-os-Montes. 5 estampas de fotografias. Hirundo daurica rufula .

SANTOS JÚNIOR, J. R. dos & Agostinho Isidoro (1962) - Anilhagem de aves na Reserva ornitológica de Mindelo (1961). Anais da Faculdade de Ciências do Porto. XLV (2): 73-102, fotos. Aves. Portugal. J.R. dos Santos Junior.

SANTOS JÚNIOR, J. R. dos & Agostinho Isidoro (1963) - Anilhagem de aves na Reserva ornitológica de Mindelo (1962). Anais da Faculdade de Ciências do Porto. XLVI (2): 107-132, fotos. Aves. Portugal.

SANTOS JÚNIOR, J. R. dos and FREIRE, Osvaldo (1965) - The heronry at san Jacinto 1965. . Aves.  

SANTOS JÚNIOR, J. R. dos (1969) - O Professor Mendes Correia, fundador e 2º presidente da Sociedade Portuguesa de Antropologia e Etnologia. 1969. História.

SANTOS JÚNIOR, J. R. dos (1970) - Os Estorninhos. 1970. MB Separata nº16374. Aves.

SANTOS JÚNIOR, J. R. dos (1971) - ANTROPOLOGIA. Amplitude e finalidade desta ciencia. 1971.

[SANTOS JÚNIOR, J.R.] (1990) - Homenagem a J.R. dos Santos Júnior / Instituto de Investigação Científica Tropical ; coordenação de M. Conceição Rodrigues.- Lisboa : Instituto de Investigação Científica Tropical, 1990.- v. : il.; 30cm/    ISBN 972-672-539-9/Santos Júnior, J. R. dos, 1901- / Investigação Científica  /Antropologia  / Homenagens.