A reinstalação da ordem democrática em 25 de Abril de 1974, através do golpe de estado conduzido pelo Movimento das Forças Armadas, com o unânime apoio da comunidade internacional e dos tradicionais aliados de Portugal, e a pronta aclamação do povo português conduziu à eliminação dos condicionalismos legais que condicionavam a actividade maçónica. Condicionamentos decretados pelo regime ditatorial e cuja eliminação levou à devolução dos bens e instalações apreendidos e entregues à Legião Portuguesa, durante os primeiros anos do Estado Novo e à legalização das actividades maçónicas entregues a uma direcção provisória que dificilmente conseguira a preservação da diminuta actividade maçónica em clandestinidade [67].

O Programa do MFA assegurava, desde logo, o exercício efectivo da liberdade política e das liberdades de expressão, pensamento, reunião e associação bem como a independência do poder judicial.

Inicialmente centrada no Grande Oriente Lusitano, com sede na Rua do Grémio Lusitano, a actividade maçónica contará em Portugal, a partir de Novembro de 1984[68], com uma outra obediência, a Grande Loja de Portugal, com sede na Avenida de Sabóia, no Monte Estoril, constituída inicialmente por obreiros das lojas Aljubarrota, Bocage, Estrela d'Alva, Fernando Pessoa, Futuro e Tolerância. Esta nova obediência reclama-se da regularidade maçónica e do prosseguimento dos landmarks aprovados pela Grande Loja Unida de Inglaterra considerada obediência-mãe de todas as Grandes Lojas espalhadas pelo mundo. Procura inverter a situação de divórcio da maçonaria portuguesa da maioria da maçonaria universal, quando a maçonaria portuguesa havia sido criada por Carta de patente da Grande Loja de Londres, divórcio decorrente do realinhamento durante o século XIX face à orientação ateia, areligiosa e anti-tradicional prosseguida pela Grande Oriente de França e por outros Grandes Orientes de Espanha, Itália e de vários países da América latina na senda de um jacobinismo absolutamente estéril[69]. Integram esta segunda obediência, maçons como Antero da Palma Carlos, Fernando Teixeira, José Manuel Moreira, José Carlos Nogueira, Pisani Burnay, Álvaro de Athayde, Nandin de Carvalho, José Manuel Anes, Nuno Nazareth Fernandes, os quais retomam a ideia de uma maçonaria de via sagrada e iniciática, sobre a maçonaria de via substituída, prosseguida pela Grande Loja Unida de Inglaterra, pelas Grandes Lojas dos Estados Unidos e do Canadá, considerados a referência ritual e litúrgica legítima da maçonaria regular universal[70][71].

Seguindo-se a contactos estabelecidos pelo Grão-mestre, Dr. Fernando Teixeira, com a Grande Loja Nacional de França, ao tempo uma das grandes potências simbólicas da Europa continental, é constituído o Distrito de Portugal desta Grande Loja. Em Junho de 1991, é fundada a Grande Loja Regular de Portugal, perante uma assembleia constitutiva que permite que ao Grande Distrito de Portugal da GLNF seja outorgada a regularidade e a autonomia como Grande Loja Regular de Portugal independente[72]. No âmbito da nova Grande Loja, presidida pelo Grão-mestre Dr. Fernando Teixeira, passam a funcionar significativo número de lojas constituídas por Irmãos insatisfeitos com a orientação anti-deista e politizada do GOL e ainda por profanos que entretanto aderem à Maçonaria regular. As lojas praticam ritos diversos, como o Rito de York, o Rito Escocês Antigo e Aceito, e o Rito Escocês Rectificado.

A constituição da nova obediência seria desvalorizada pelo Grande Oriente Lusitano que nas palavras do Grão-mestre Adjunto, Oliveira Marques, considerou «o afastamento de algumas dezenas de pessoas que sonhavam constituir uma nova obediência virada para um maçonismo religioso e conformista do tipo anglófono, completamente desligado da tradição portuguesa. Todas as maçonarias têm registado ao longo dos anos casos semelhantes. Portugal também conhece muitos como este, quase todos efémeros. Esperemos que o mesmo aconteça a esta»[73].

A Grande Loja Regular de Portugal, entretanto reconhecida por inúmeras organizações maçónicas internacionais[74], constituir-se-ia garante da regularidade maçónica no nosso país, ganhando prestígio e alargando exponencialmente a sua influência na sociedade portuguesa, entre profissionais liberais, intelectuais, funcionários públicos, empresários, académicos atingindo durante a segunda metade da década de 90 cerca de 900 obreiros. No mundo profano, a nova obediência é tida como próxima dos meios católicos, liberais e conservadores, geralmente identificados com o Partido Popular Democrático (posteriormente Partido Social-Democrata) e o Centro Democrático Social (enquanto o GOL é tido por próximo do Partido Socialista). À sua frente, ficaria o Prof. Luís Nandin de Carvalho, que viria substituir o fundador, o Dr. Fernando Teixeira, aquando do seu falecimento em 1997.

O processo da sua eleição seria, no entanto, contestado por uma minoria de maçons encabeçada por João Braga Gonçalves, Venerável Mestre da Loja General Gomes Freire de Andrade e que promoveria uma cisão desta Grande Loja entre 1997 e 1998 sob a alegação de violação pelo novo Grão-mestre Nandin de Carvalho de obrigações e compromissos maçónicos[75]. A cisão que tinha como propósito objectivo a tomada do poder interno e planos de associação da maçonaria regular a actividades internais de natureza ilegal, levaria à apropriação do nome de Grande Loja Regular de Portugal (também conhecida pela Casa do Sino) pelos cisionistas. As lojas que não acompanharam a cisão reintegrar-se-iam na Grande Loja Legal de Portugal-Grande Loja Regular de Portugal, nome pelo qual continua a ser conhecida, desde então, a obediência regular portuguesa. O Prof. Luís Nandin de Carvalho viria a ser rendido no fim do seu mandato como Grão-mestre pelo Engº José Manuel Anes, eleito a 11 de Dezembro de 2000 e instalado em 24 de Março de 2001. O Engº José Manuel Anes era até aí Grão-Prior do Grande Prioriado Independente da Lusitânia (sistema de altos graus do Rito Escocês Rectificado de observância gnóstica e cristã). Segundo é possível retirar do site da Grande Loja (www.gllp.pt) serão 45 as lojas em actividade, localizadas em diversos pontos do país, com excepção da Madeira e dos Açores.

Paralelamente à autonomização da Grande Loja legal de Portugal-Grande Loja Regular de Portugal como obediência representativa da maçonaria regular viriam a alargar-se os ritos praticados pela obediência. Assim, para além do Rito Escocês Antigo Aceite no seu sistema de 33 graus, praticam-se o Rito Escocês Rectificado, sistema maçónico cavalheiresco e cristão criado em França e na Alemanha na tradição de Martinez de Pasqually, e o Rito de York. A nível dos Altos Graus encontra-se associada à GLLP como seus corpos independentes o Supremo Conselho para Portugal do Grau 33, presidido por José Carlos Moreira, o Grande Capítulo do Arco Real de Portugal dirigido por José Moreno. Recentemente, foi constituída a Sociedade Rosacruciana de Franco-maçons de Portugal, organização gnóstica inserida no rosacrucianismo internacional.

O grupo minoritário de maçons participantes na cisão de 1997 constituiria, entretanto, uma Grande Loja do Norte, com um número de lojas e de maçons que são, no entanto, desconhecidos.

O Grande Oriente Lusitano, a principal obediência irregular portuguesa, reconhecida pelo Grande Oriente de França e por vários outros Grandes Orientes mas recusando a imperatividade desse reconhecimento, agrega um número significativo de lojas espalhadas pelo país, havendo registos na imprensa portuguesa, que associará, neste momento, cerca de um milhar e meio de maçons. Nas últimas eleições de 2002, para o Grão-mestrado do Grande Oriente Lusitano, seria eleito o advogado e conhecido resistente anti-fascista, Dr. António Arnault, personalidade prestigiada das letras e da democracia portuguesa, tendo sido Ministro da Saúde num dos governos dirigidos pelo Dr. Mário Soares, antigo Primeiro-ministro e Presidente da República.

A divisão da maçonaria entre as suas obediências regular e irregulares mantém-se, de forma idêntica ao que se passa na maçonaria latina em países como a França, a Espanha, a Itália ou o Brasil. Não obstante tal divisão, há quem admita que a unificação da maçonaria portuguesa é uma questão de tempo, dado a perda de preponderância da orientação ateia, areligiosa e antitradicional, professada pelos maçons mais antigos do Grande Oriente Lusitano, junto das novas gerações de maçons associadas na obediência, ponto fundamental de separação em relação à GLLP-GLRP.