A luta entre a Igreja Católica, os Monarcas Católicos e a Revolução Francesa e os seus partidários culminou no levantamento dos camponeses católicos em Vendée, no oeste da França, entre 1791 e 1793 e numa selvagem luta de extermínio entre os habitantes de Vendée e os Jacobinos. Em 1794, a Igreja Católica e os Franco-maçons, foram proscritos em França mas a sua situação melhorou quando Napoleão Bonaparte se instituiu Primeiro Cônsul do Directório, pelo golpe de estado do 18 de Brumário, em Novembro de 1799.

Napoleão queria restabelecer as relações de normalidade com o Papa e a Igreja Católica depois dos desmandos de Robespierre, atendendo ao papel que elas desempenhavam junto do povo francês, como ficou claro no levantamento de Vendée. A religião católica tinha uma função ordenadora na sociedade francesa que era preciso recuperar, mas Napoleão não queria que a Igreja se tornasse (outra vez) demasiado poderosa e constituísse uma ameaça à sua posição[25]. Para isso, tolerou os Franco-maçons, encorajando a sua expansão na sociedade francesa e a adesão à Ordem de familiares, seus comandantes militares ou conselheiros políticos. Será menos verosímil que ele próprio fosse franco-maçom tendo sido iniciado, segundo a lenda, numa loja militar em Malta em 1798, quando o território se encontrava sob ocupação francesa[26]. Napoleão nomeou o advogado Jean Jacques Régis de Cambacérès, como 2º Cônsul, um fervoroso maçom. Jasper Ripley refere aliás que Cambacérès terá aconselhado Napoleão a transformar a maçonaria numa organização de apoiantes leais, contrariando indicações da polícia que considerava esta organização secreta um ninho de velhos jacobinos ou lealistas, adversários do governo de Napoleão[27]. Certo é que quatro dos irmãos de Napoleão foram maçons: José que seria rei de Nápoles, Luís, rei da Holanda, Lucien, príncipe do Canino e Jerome, rei de Vestefália. Também Joaquim Murat, cunhado de Napoleão e depois rei de Nápoles e Eugène de Beauharnais, filho de Josefina, eram maçons.

Portugal ficou no caminho de Napoleão em razão da rivalidade e do conflito com a Inglaterra. Napoleão pretendia diminuir ou conter o poder britânico nos países vizinhos, fechando os principais portos europeus aos barcos ingleses. Como velho aliado de Inglaterra, Portugal recusou-se, primeiramente, a aceder à vontade de Bonaparte, mas sob pressão entrou em negociações diplomáticas com o Directório. Napoleão mandou avançar sobre Portugal alguns destacamentos do exército francês, comandados pelo General Junot, que viria a entrar em Lisboa, em 30 de Novembro de 1807. A Coroa portuguesa, constituída pela regente, D. Maria I, seu filho e demais Corte havia embarcado na véspera para o Brasil, deixando o poder entregue a uma Comissão de Regência constituído por sete membros.

Junot foi tratado pelas autoridades portuguesas com deferência. Uma delegação maçónica composta por Luís de Sampaio Melo e Castro, irmão do Grão-Mestre, Diogo José Victor de Abreu, almoxarife da Azambuja, e Francisco Velloso, desembargador do Paço, foram cumprimentá-lo no seu Quartel-General, tendo Junot recebido o grupo com agrado e estima[28], pensando usar os maçons em seu benefício. Conseguindo que fosse proposto numa Loja a colocação do retrato do Imperador Napoleão, em vez do Príncipe Regente que estava no Brasil, Junot concitou a indignação de muitos maçons. A situação agravar-se-ia quando através de um maçom português viria a sugerir, dada a «sua elevada posição», a sua nomeação para Grão-Mestre. Tal proposta foi derrotada, por unanimidade, em Conselho do Grande Oriente, indispondo contra ele os maçons portugueses, vinculados em juramento solene, à lealdade ao governo legítimo, exilado no Brasil[29]. No conhecimento deste incidente manifestou-se em várias lojas aceso fervor patriótico contra os invasores, o que levou Junot a dar ordens severas ao Intendente da polícia, para perseguir os maçons.

Junot foi empurrado para a fronteira pelo exército luso-britânico, que se havia reorganizado contra a ocupação francesa, mas em 1809 um novo corpo de tropas, sob comando do General Soult, entrou em Portugal. Em 1809 um desfile público dos maçons das forças armadas inglesas com bandeiras e emblemas despertou de novo a atenção da inquisição. Entre 1809-1810 desencadeia-se a terceira vaga de perseguições, sendo a mais significativa a que tem lugar em Setembro de 1810, conduzindo à prisão de 30 maçons, por ordem dos Regentes do trono. Maçons, primeiro metidos na Torre de Belém e depois, sem qualquer processo ou julgamento, deportados para os Açores. A acusação falsa que conduzira às prisões[30], era que os franco-maçons eram simpatizantes das ideias francesas e como tal haviam favorecido a entrada do exército de Massena, em Portugal. O Duque de Sussex, filho de Jorge III, que havia sido mandado a Lisboa em 1802, para ajudar na rebelião contra a ocupação francesa, intercederia na libertação de muitos deles, tendo envolvido nessa diligência a própria Grande Loja de Inglaterra.

A Inglaterra não só não aceitara a arbitrariedade das detenções assentes em alegações não provadas, como pressionara por todos os meios o Governo português. Em fins de Dezembro os maçons ingleses organizaram um desfile maçónico em apoio aos irmãos portugueses.

Expulsos os ocupantes franceses de Portugal, ficou a dirigir o exército português o Marechal Beresford, que tolerou a actividade maçónica, tendo as lojas se multiplicado e, com elas, a adesão de novos irmãos. Em 1812, haveria em Lisboa 13 lojas, sendo as lojas mais activas as lojas Regeneração e Virtude. Nesta última, segundo relata Borges Grainha[31] foi iniciado José de Andrade Corvo de Camões, capitão de infantaria, que seria responsável pelo recrutamento de grande número de obreiros. Em Santarém surgiu a Loja Filantropia constituída por militares de Infantaria e Cavalaria aquartelados na cidade e em Torres Novas. Também duas lojas seriam instaladas em Coimbra e no Porto e Mouzinho da Silveira, então Juiz de Fora, em Setúbal, terá isntalado uma ou duas oficinas entre 1813 e 1816.

No Brasil tinha lugar ao tempo grande actividade maçónica. Em 1813 fora instalado um Grande Oriente Brasileiro restrito a quatro lojas, três na Baía (Virtude e Razão, União e Razão Restaurada) e uma no Rio (Beneficência). Como primeiro Grão-Mestre foi eleito José Bonifácio de Andrade e Silva, o grande patriarca da independência brasileira. A criação da Grande Loja brasileira configura a independência do Grande Oriente Lusitano exigido durante muito tempo pelos maçons brasileiros. Segundo Oliveira Marques[32] o GOL não terá desistido de manter, sob tutela, lojas no Brasil, conservando duas lojas no Rio de Janeiro (Lojas Emancipação e Comércio e Artes). O príncipe D. Pedro, filho de D. João VI, fez-se iniciar na Loja Comércio e Artes em 2 de Agosto de 1822, adoptando nome simbólico de Guatimozin, nome do último imperador azteca do México, torturado e morto pelos conquistadores espanhóis. Com esse gesto, D. Pedro assumia, simbolicamente, a qualidade e sofrimento dos brasileiros, oprimidos pelos portugueses. Três dias depois seria elevado a Mestre[33].

Regressado a Portugal com grande número de companheiros participantes na Setembriada, o General Gomes de Andrade[34] encontraria o terreno preparado a uma grande hostilidade contra o partido anglófono no poder. Em 1816 é eleito Grão-Mestre da Maçonaria portuguesa e torna-se a «alma» de uma conspiração liberal contra o Marechal Beresford para a tomada de Lisboa, oficial que administrava Portugal sob mão de ferro, como se tratasse uma colónia inglesa, despertando grande descontentamento junto dos oficiais e intelectuais portugueses. A 25 de Maio de 1817, em estado avançado dos preparativos da insurreição contra Beresford, Gomes Freire é preso por denúncia de três maçons, José Andrade Corvo de Camões, Morais de Sarmento e João de Sequeira Ferreira Soares[35] conjuntamente com outros 11 conspiradores. Gomes Freire de Andrade é enforcado por ordem do Marechal Beresford no cadafalso na Torre de S. Julião da Barra e os demais no Campo de Santana.

Narra Borges Grainha que um dia antes da execução um coronel inglês, Robert Haddock, visitou o Grão-Mestre na cadeia e ofereceu-lhe como irmão a oportunidade para a fuga. Gomes recusou a oportunidade. Em 1853 foi erguido um monumento no sítio onde morreu sendo desde então homenageado como um dos heróis da luta pela instituição da monarquia constitucional em Portugal e um dos mártires mais eminentes da Maçonaria portuguesa[36]. Tem o seu nome uma das Ordens mais importantes da Maçonaria Regular Portuguesa.

A repressão de 1817 foi seguida em 1818 de um alvará de D. João VI, do Brasil, com força de lei que em complemento da bula de Clemente XII, declarava «criminosas e proibidas todas e quaisquer sociedades secretas, incorrendo os seus membros no crime de lesa-majestade, com as severas penalidades consequentes» que podiam ir até à pena de morte e ao confisco de bens[37]. A maçonaria portuguesa entrou nesse período na mais absoluta clandestinidade, tendo a maior parte das lojas suspenso a sua ctividade, sendo criada, uma única loja Segurança Regeneradora «com o intuito de se fazer dela centro comum de toda a maçonaria lusitana». Não obstante a apertada repressão surgem neste período a loja Sapiência em Coimbra, a Loja Liberdade em Elvas constituída por militares do aquartelamento, Levantou colunas em Março de 1820 a loja Regeneração.

A maçonaria esteve, através dos seus mais insignes dignitários e oficiais, envolvida nas lutas liberais do século XIX. O entusiasmo pela ideia da liberdade que maçons e liberais propugnavam, contribuiu para a instalação de um espírito de conspiração contra a orientação absolutista da monarquia portuguesa e à criação, em fins de 1817, no Porto, de um grupo de conspiradores de que faziam parte Manuel Fernandes Tomás, Desembargador da Relação do Porto, José Ferreira Borges, advogado, José da Silva Carvalho, advogado, João Ferreira Viana, Duarte Lessa, José Maria Lopes Carneiro, José Gonçalves dos Santos, João da Cunha Souto Maior, e vários outros. Este grupo liberal ficaria conhecido como o Sinédrio e embora não fosse uma organização maçónica vários dos seus membros eram maçons. Cunha Sotto Maior e Silva Carvalho seriam mais tarde Grão Mestres da Maçonaria (1821 e 1823)[38]. A revolução liberal rebentou triunfante no Porto, em 24 de Agosto de 1820, formando-se a Junta Provisória do Governo Supremo do Reino com o mandato de governar o país na ausência do Rei no Brasil, convocar as Cortes para aprovar uma nova Constituição liberal. O movimento de rebelião alastrou ao país e em 15 de Setembro triunfou em Lisboa, levando à tomada do poder pelos liberais e com ela alargou-se a influência maçónica[39].

D. João VI foi obrigado a voltar do Brasil, chegando a Lisboa a 24 de Junho de 1821 e tendo jurado a nova Constituição, foi esta assinada e decretada a 23 de Setembro de 1822. Em 1821 havia sido eleito Grão-mestre João da Cunha Souto Maior, um dos membros do Sinédrio, e o Grande Loja composta por Agostinho José Freire, revoltoso de 1820, Abade José Correia da Serra, Francisco António da Silva, Cónego João Maria Soares Castelo Branco e vários outros. Relata Borges Grainha que os principais membros do Sinédrio eram então Veneráveis das Lojas Patriotismo, 24 de Agosto e 1 de Outubro. A Dieta maçónica que procedera à eleição do Grão-mestre e dos oficiais da Grande Loja aproveitaria para modificar e ampliar a Constituição de 1806.

Minado pela quezília parlamentar e pela luta de fracções o regime constitucional instalado pela Revolução de 1820 não resistiria por muito tempo ao embate dos partidários do absolutismo, dirigidos pelo Infante D. Miguel e pela Rainha Carlota Joaquina. Em menos de três anos o regime constitucional derrocaria, regressando ao absolutismo monárquico retomando D. João VI em 5 de Junho de 1823, depois de vários levantamentos miguelistas, os seus «direitos indisponíveis».

Depois da contra-revolução de 1823 apareceu logo a seguir um édito do D. João VI, em 20 de Junho, que condenava a actividade maçónica - de Pedreiros Livres, Carbonários e Comuneros - com o degredo de cinco anos em Africa e numa multa pecuniária de mais de cem mil reis para os cofres das obras pias[40]. Em 30 de Abril o Infante Dom Miguel de Bragança cercara El-Rei D. João VI no Paço da Bemposta, declarando que o fazia porque os pedreiros livres queriam matar o rei. Muitos maçons e outros liberais foram presos e conduzidos para a Praça de Peniche. A 5 de Junho, o usurpador do trono emitia uma portaria perdoando a todos os que tivessem pertencido a sociedades secretas desde que renunciassem a elas até 20 de Junho de 1823. Para os que não o fizessem proscrevia penas rigorosas.

Uma pastoral do cardeal Sousa, arcebispo de Lisboa, foi motivo para o assassínio, pela plebe, de 17 maçons estando entre eles o Marques de Loulé, antigo maçom que havia feito sair o Rei D. João VI de Lisboa para Vila Franca. " Deve ser derramado em massa o sangue dos portugueses como antigamente o sangue dos judeus porque o infante jurou não embainhar a espada antes de resolver a situação com os maçons. Estou sequioso de banhar as minhas mãos de sangue", pregava o padre João Moriano em Campo Maior[41]. Foram várias as invectivas contra a maçonaria da parte de vários prelados da Igreja católica partidários da causa miguelista, o que serviu para excitar o ódio da populaça analfabeta (e instrumentalizada) contra os maçons, em particular e os liberais, em geral.

Seguindo a ordem do Grão-Mestre as lojas foram fechadas. Nesse período, a actividade ficou limitada à Ilha Terceira. Ilha que permaneceu fiel à Constituição outorgada por D. Pedro. Acentuou-se a emigração de liberais e maçons para Inglaterra e França, só ficando aqueles, diz Borges Grainha, que não podiam subtrair-se às garras da polícia e das alçadas miguelistas.

D. Pedro IV havia sido nomeado Grão-mestre da Maçonaria brasileira em 4 de Outubro de 1822, quando já era Defensor Perpétuo do novo Estado Independente, vendo nessa nomeação as figuras mais prestigiadas da sociedade brasileira a fórmula de legitimar o novo poder independente. A concentração das forças liberais na ilha Terceira (Açores) possibilitaria a organização de um exército cujo objectivo era a libertação de Portugal do usurpador da coroa, D. Miguel e a instalação de uma monarquia constitucional fiel à linha de D. Pedro. Esse exército partiu da Terceira e desembarcaria no Mindelo, apoderando-se do Porto. Embora cercado pelos miguelistas parte do exército conseguiria libertar-se e embracadno nos barcos que o haviam, trazido dos Açores desembarcaria no Algarve, seguindo posteriormente para Lisboa com o Duque de Saldanha à cabeça. Lisboa seria tomada pelo exército liberal em 24 de Agosto de 1833. Dias depois entraria na capital D. Pedro IV, aclamado como legítimo sucessor da coroa portuguesa[42]. Uma das primeira medidas de D. Pedro foi a expulsão dos Jesuítas e o castigo dos padres e frades que haviam defendido a usurpação miguelista. Na Convenção de Évora Monte, em 1844, decretaria a suspensão da actividade de todas as Ordens Religiosas existentes em Portugal, repondo-se a vigência da Carta Constitucional suspensa por D. Miguel. A maçonaria portuguesa suspirava de alívio vendo um dos seus mais insignes membros e grande figura do liberalismo constitucional como legítimo titular da Coroa.

O triunfo das ideias liberais e da monarquia constitucional coincide com um período de dissenção relativamente ao governo legítimo da Fraternidade. No estrangeiro, os emigrados portugueses que ali tinham vivido no período de mais acesa perseguição à Ordem tinham eleito dois Grãos-mestres, José da Silva Carvalho e o Duque de Saldanha, este último apoiado pelos emigrados em França. Regressados a Portugal, estes maçons mantiveram os dois Orientes separados, com os respectivos Grão-mestres, sendo ainda criado um terceiro Oriente no Porto, sendo Grão-mestre Passos Manuel. Esta divisão da Maçonaria, a confusão entre os planos profano (e político} e simbólico, conduziu ao envolvimento da organização maçónica nas revoltas políticas e sobretudo nas tristes e deploráveis lutas civis desse período, bem como na refrega parlamentar. Diz Borges Grainha e cito «nos ministérios consecutivos que D. Maria II chamou ao poder, em curtos intervalos, entrava, geralmente, algum Grão-Mestre desses Orientes, encontrando-se na Oposição Grão-Mestres dos outros. O resultado era assim que havia Orientes e lojas ministriais e em frente de Orientes e lojas oposicionistas»[43].

É difícil ter uma noção exacta da actividade dos vários Orientes que existiram no país até 1869, porque faltam fontes históricas e também porque as dissidências dentro de cada Oriente eram frequentes e várias lojas passaram facilmente de uns para outros[44].

O mais significativo será o Grande Oriente Lusitano, que professava nesta altura maioritariamente o rito francês, bem documentado no Manifesto do Dr. José J.A. de Moura Coutinho, juiz da Relação e do Supremo Tribunal de Lisboa e Grão-mestre do Grande Oriente de Portugal, impresso em 1849. Recorda Borges Grainha que o Dr. Moura Coutinho fizera aprovar em 1840, na Dieta maçónica, uma nova Constituição. Seria eleito na sua vigência Costa Cabral, então Ministro da Justiça, o qual através das lojas militares que controlava aproveitou para restaurar a Carta de D. Pedro IV que Cabral fora proclamar ao Porto em 27 de Janeiro. Costa Cabral seria substituído pelo Visconde de Oliveira, o qual seria solenemente instalado e, 28 de Julho do mesmo ano como Grão-mestre do novo Grande Oriente de Portugal.

Os partidários de Cabral criariam a Grande Loja Portuguesa, escolhendo para seu Grão-mestre o cónego Eleutério Francisco Castelo Branco.

Depois da morte do Visconde de Oliveira, o Grande Oriente de Portugal teve por Grão-mestre José Alves de Moura Coutinho, sucedendo-lhe o Conde de Peniche. Por seu lado, a Grande Loja Portuguesa viria em 1867 a entroncar no Grande Oriente Lusitano que se formou então sob o malhete de Mendes Leal, indo-se fundir nele a Condeferação Maçónica que resultara em 1834 da fusão dos dois Orientes de Saldanha e de Passos Manuel e a Federação Maçónica de José Elias Garcia[45]. A partir de 1869 passou-se a denominar Grande Oriente Lusitano Unido.

A profusão de Orientes revela a multiplicação e expansão da actividade maçónica um pouco por todo o país. Em 1843 havia em toda a maçonaria portuguesa 80 lojas em funcionamento: o Grande Oriente Lusitano teria 34, o Oriente Passos Manuel com 17 lojas, o Grande Oriente de Silva Carvalho com 15 lojas, o Oriente Saldanha com 11 lojas e a Loja Provincial do Oriente Irlandês, dependente do Grão Mestrado de Dublin e criada pelo espanhol D. João Coelho com 3 a 4 lojas o qual praticava o Rito Escocês Antigo e Aceite[46].

A unidade dos Orientes veio, como referimos, a concretizar-se em 30 de Outubro de 1869, tendo sido eleito Grão-mestre o Conde de Parati, por sugestão do escritor e então Ministro da Marinha, Mendes Leal. Três anos depois a Grande Loja Provincial do Oriente Irlandês integrou-se igualmente no Grande Oriente Lusitano Unido. Durante meio século foi possível manter a unidade entre os maçons portugueses, representando um período de grande robustecimento da maçonaria portuguesa e de afirmação intelectual pelo nível dos Grão-mestres escolhidos[47]: o Conde de Parati (1869-1881), Miguel Batista Maciel (1881-5), Elias Garcia (1885-6 e 1888-9), Visconde de Ouguela (1889-1895), Bernardino Machado (1895-1899), Ferreira de Castro (1900-1907), Sebastião de Magalhães Lima (1907-1928)[48]. Os maçons aumentaram, substancialmente, no mesmo período de meio milhar em 1869-70 para 1900 obreiros em 1904, distribuídos por 85 oficinas.

A actividade da maçonaria portuguesa pautou-se neste período pela luta pela concretização de objectivos gerais de progresso e desenvolvimento humano que estão desde sempre aliadas ao iluminismo, doutrina filosófica a que a maçonaria deve, em última instância a sua afirmação e divulgação junto de meios intelectuais e classes sociais favorecidas: a abolição da pena da morte e da escravatura, a criação de escolas dos níveis primário e secundário, a difusão de instrução nas colónias portuguesas, a difusão de uma postura de laicização do ensino, o registo civil obrigatório, a publicação dos principais códigos de direito. Sendo credível que parte destas medidas tenham resultado da acção colectiva, designadamente de lojas maçónicas, o contributo fundamental terá sido dos homens que em razão das suas funções públicas e da sólida formação maçónica transportaram para ali objectivos de progresso e desenvolvimento humano e social que se tecem nos laços de solidariedade e fraternidade maçónica. Por outro lado, a maçonaria nem sempre resistiu à tentação de liderar e intervir nos principais movimentos liberais que marcam a transição do século XVIII para o século XIX e que acompanham a derrota das monarquias de direito divino e as ideias do absolutismo monárquico, um pouco por toda a Europa. Também, lamentavelmente, os oficiais superiores da Ordem Maçónica não se eximiram de se envolver nas lutas de fracções e nas quedas de ministérios.

Difícil é responder em termos de balanço à pergunta se a Maçonaria foi o motor do processo revolucionário em Portugal, na medida em que terá sido também o berço do jacobinismo?

Em termos globais estaria de acordo com a posição de Maria da Graça Silva Dias de que a maçonaria não teve, por forma alguma, um percurso linear. Nascida sob o signo da maçonaria inglesa de orientação andersoniana primeiro, de teor tradicionalista depois (antiens), mas em ambos os casos de cariz apolítico, a maçonaria portuguesa só se afrancesaria ou jacobinizaria já o século XIX ia bem adiantado. Não se poderá minimizar a influência «ideológica» de muitos maçons regulares numa profanização da actividade maçónica, dada a abertura da cultura portuguesa às influências parisienses e das Luzes e a importância dos fenómenos revolucionários no curso do século XIX e na formação de ideologias transformadoras e humanistas como o anarquismo e o socialismo romântico ou utópico. Se o socialismo é o herdeiro do espírito do jacobinismo da revolução francesa o cientificismo, o romantismo filosófico e cultural são prolongamentos do espírito iluminista que sempre norteou o que havia de mais progressista, aberto e inovador na sociedade europeia da época, em cujos valores muitos maçons se reviam.

Nos anos que antecederam a República, tiveram lugar vários Congressos maçónicos (Coimbra-1903, Lisboa-1905, Figueira da Foz-1906).